赛尔号飞船意外闯入圣灵系与魔灵系的古战场，为了修复飞船，小队必须找到封印在两派宿命中的“和谐之源”。
赛尔号飞船在穿越一片未知星云时，被一股强大的引力波吸入，坠毁在一个遍布巨大机甲残骸的荒凉星球——圣魔星。这里曾是宇宙两大高等文明“圣灵族”与“魔灵族”千年战争的遗迹。星球上残留的极端能量严重干扰了飞船系统，无法修复。赛尔先锋小队队长雷伊发现，要获得离开所需的“和谐能源”，就必须破解圣魔两族遗留的能量核心，而核心的启动需要同时集齐代表“守护”与“突破”的两块圣物。为了争夺圣物，已退隐的反派海盗佐格也尾随而至。在一次次的冒险与战斗中，小赛尔和战神联盟不仅揭开了圣魔之战两败俱伤的真实原因——只因缺乏沟通与信任，更在最后的决战中，用友谊与协作的力量，同时激发了两块圣物，开启了离开的虫洞。
本片作为系列大电影的第四部，在画面和特效上有了显著提升。故事虽然沿用了传统的正邪对抗框架，但对“战争无赢家”的反思增加了一层深意。角色性格鲜明，战斗场面流畅热血，系列粉丝会从中获得极大的满足感，对小朋友来说也是一场充满正能量的太空冒险。
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